Nog een scheuring in het kerkelijk leven, en ditmaal binnen de Gereformeerde kerk, leidde tot de stichting van een ander kerkelijk genootschap: de Vrijgemaakt Gereformeerde kerk.  In het kort iets over deze richting die tot voor kort een voortdurende sterk groei onderging, met als één van de hoogtepunten de oprichting van een eigen school, de Fonteinschool.

Een belangrijke rol in de geschiedenis van de Vrijmaking werd gespeeld speeld door een zekere professor Schilder die op 23 maart 1944 werd geschorst door de Gereformeerde Synode vanwege zijn opvattingen. Zowel als emeritus-predikant van de gemeente Rotterdam-Delfshavenen, als hoogleraar mocht hij zijn functie niet meer uitoefenen. Een groep Gereformeerden vond dit steeds meer hierarchisch optreden van de Gereformeerde Synode ten opzichte van de kerken niet juist. Bovendien steeg de spanning in de kerken doordat de Gereformeerde Synode besloot dat de theologische kandidaten hun instemming moesten betuigen met de leeruitspraken spraken van de Synode wanneer zij kerkelijk geexamineerd werden "Zo kregen deze leeruitspraken het karakter van een belijdenis. Aan de Drie Formulieren van Enigheid werd een vierde toegevoegd gevoegd dat in feite in strijd was met de "Drie Formulieren van Enigheid".

In 1945 leidde dat tot het ontstaan van een tweede gereformeerde kerk: de Vrijgemaakt Gereformeerde kerk. De vrijmaking, als gevolg van een voor buitenstaanders onbegrijpelijk leergeschil over verbond en doop, begon in Buitenpost met het uittreden van het bezwaarde kerklid T. Holwerda en zijn gezin, en deze sloot zich aan bij de gemeente van Murmerwoude. Ondertussen werd het verzet tegen het synodebeleid binnen de Gereformeerde kerk steeds groter en op 11 augustus 1944 werd een landelijke vergadering van bezwaarden gehouden in Den Haag. Daar werd de "Acte van Vrijmaking of Wederkeer" voorgelezen. De kerk van Bergschenhoek maakte zich op 13 augustus vrij van de synode, een besluit dat als zondig door de Gereformeerde Synode werd beschouwd. De Synode zette de vrijgemaakte kerk daarom buiten het kerkverband maar ook daarna zouden nog vele leden van de kerken zich blijven vrijmaken. "Zij die zich vrijmaakten wilden gereformeerd blijven en de grondslag van de kerken zoals die in Dordrecht 1618-1619 werd erkend en aanvaard, handhaven.

In Buitenpost gaf Holwerda in februari 1945 verantwoording van zijn handelwijze en voelde zich geroepen om even later met geregelde lectuurverspreiding, zoals van een persoonlijke brochure en andere geschriften, onder de plaatselijke gereformeerde gemeente te beginnen. Dit alles, vanzelfsprekend, met de bedoeling anderen er toe te bewegen zijn voorbeeld te volgen. Dat lukte. Er vormde zich 'een kring van bezwaarden' die zich met bezwaarschriften tot de kerkeraad wendde en potentiële medestanders probeerde te activeren. De kerkeraad van de Gereformeerde kerk onder leiding van ds. Goslinga schaarde zich onverminderd achter de synodale besluiten en de dominee probeerde in zijn preken de ontevreden leden tot de orde te roepen. Op vrijdag 23 maart 1945 hielden de lokale bezwaarden 's middags om twee uur een bijeenkomst in de Gerbo-zaal aan de Voorstraat waarna er een verder geregeld contact ontstond. De Gereformeerde gemeente organiseerde op haar beurt ook voorlichtingsbijeenkomsten. Maar een van de ouderlingen uit haar gelederen, een zekere F. Bosma, kon zich uiteindelijk ook niet verenigen met reguliere denkbeelden en zijn vrijmaking was de definitieve aanzet tot vorming van een afgescheiden gemeente in ons dorp. Bosma's vrijmaking resulteerde al op het eind van diezelfde week - op zaterdag 16 juni 1945 - in een oproep tot zijn mede-bezwaarden om op zondag 17 juni te vergaderen in een te beleggen Dienst des Woords. Het vinden van een vergadergelegenheid was één van de grootste problemen. Men besloot vooreerst bijeen te komen in de slagerij van Gosse Kamminga aan de Herbrandastraat. Zelfs de toonbank en spekkisten moesten dienst doen als zitplaats voor de 150 kerkgangers die beide diensten zouden bezoeken. Ouderling Bosma was voorganger en na deze zondag werd op 21 juni opnieuw een gemeentevergadering gehouden. Het totaal aantal leden groeide verder tot 107 waarvan 64 belijdende leden. Daarmee werd ook in Buitenpost de Vrijgemaakt Gereformeerde Kerk (onderhoudende artikel 31 K.O., zoals het toen heette) een feit. Diezelfde dag zonden 38 belijdende en 28 doopleden een ondertekende verklaring aan de Gereformeerde kerkeraad waarin zij een toelichting gaven op hun besluit om zich vrij te maken. Aanvankelijk ressorteerde deze Vrijgemaakte Gereformeerde Kerk van Buitenpost onder de classis Groningen.

De noodzaak tot het spoedig vinden van een geschikte vergaderruimte voor het houden van de erediensten, was groot. Een zekere Doeke Miedema wonend aan de Rijksstraatweg bood op dat moment zijn woning voor dat doel aan. Van hem gaat het verhaal dat hij dit aanbod deed met de woorden "Kom in mijn zalen voor niets, alleen wanneer jullie zingen: "De lofzang klimt uit Sions zalen" dan moeten jullie in plaats daarvan zingen "De lofzang klimt uit Doeke’s zalen".

Niet lang daarna werd het Nutsgebouw aan de Kuipersweg de vergaderplaats van de gemeente. De preekstoel werd wekelijks in elkaar gezet, de stoelen kwamen bij hotel Bolling vandaan en de gemeenteleden kwamen uit de wijde omgeving. Te voet, per fiets of op de brik kwamen zij naast Buitenpost, uit Kollum, Augustinusga, Burum, Huisternoord en Kollumerpomp. Na verloop van tijd werden honderd klapstoelen gekocht, voor een bedrag van f 1400, schafte men een Frans zaalorgel aan en voor f 425,- kwam er een doopvont. Ds J. van der Zwaag van Ambt-Vollenhove-Cadoelen werd de eerste predikant die op 30 juni 1946 werd bevestigd door ds de Haan van Valthermond. De verdere gestage groei maakte toch het bezit van een echt kerkgebouw tot een noodzaak. Er werden plannen gemaakt voor een permanent onderkomen en dit resulteerde op donderdag 8 december 1949 in de opening van een nieuw kerkgebouw aan de Irenestraat.

In de loop der jaren bleek ook dit maar een tijdelijke oplossing en in februari 1975 kwam opnieuw een nieuwbouw weer aan de orde. Met vereende krachten werden er plannen gemaakt en met overheidssteun, omdat de bouw uitgevoerd kon worden als werkgelegenheidsobject, kon begin 1977 met de bouw worden begonnen. Op vrijdag 10 juni vond de herlegging van de gevelsteen plaats door W. Westra sr, die ook bij de eerstesteenlegging van het kerkgebouw in de Irenestraat in 1949 aanwezig was geweest. De officiële opening van de zogeheten "Fonteinkerk" vond op 8 december 1977 plaats. In 1993 volgde een verdere verbouw van het relatief nieuwe kerkgebouw. Het lage gebouw kreeg naast een uitbreiding van 300 naar 480 zitplaatsen ook een puntdak, en werd daarmee herkenbaarder als kerkgebouw. De verbouw kostte 800.000 gulden, maar veel werk werd ook door de kerkeleden zelf vrijwillig gedaan.

tekening van nieuwe vrijgemaakte kerk 1977

de Gereformeerd Vrijgemaakte kerk in 1977 De grote kerkelijke gemeenschap deed ook de behoefte aan eigen onderwijs voelen. Dit leidde tot een speurtocht naar een lokatie, en het oog viel op de leegstaande christelijke school 'De Flambouw' aan de Molenstraat. Ongeveer op dezelfde plek als de voormalige School met den Bijbel aan de Kuipersweg heeft de Fonteinschool sinds 1985 daarmee zijn plekje. In het gebouw wordt nu dagelijks lesgegeven aan bijna 90 leerlingen die uit Buitenpost komen.

Het zielental is in de loop der jaren verveelvoudigd. Telde de Vrijgemaakte gemeente op 21 juni 1945 107. In 1946 telde de geloofsgemeenschap 155 leden, in 1966 had men 236 leden, in 1986 waren dat er 397 en in 1993 zelfs 593 leden.